当植株到达生理成熟期时即可收获。生理成熟的标志是大部分茎叶转黄达到枯萎，块茎停止膨大，易与植株脱离。由于马铃薯只要茎叶不枯，块茎仍继续增重，在达到生理成熟前，收期越早，产量越低。但是，也可根据市场需要或后作用地要求，提前收获。过迟收获，增加病虫感染机会。种用块茎应适时早收，减少病毒在块茎中的积累，防止收前土温过高过低的影响，以获得生理上的幼龄健薯。
收获应选晴朗干燥天气进行，收前1—2天先割秧，如植株繁茂郁闭，可在收获前3—4天割秧，以降低土壤湿度，减少病菌对块茎的侵染。收获期间若遇高温烈日，则宜在早上或傍晚挖掘。收获过程要尽量减少机械损伤，并要避免块茎在烈日下曝晒，以防降低种用和食用品质。
