1、有机食品、绿色食品都属于无公害农产品，但有机食品和AA级绿色食品对农药、化肥的使用有更严格的限制。
2、无公害食品、绿色食品未必都是绿颜色的，绿颜色的食品也未必是绿色食品、无公害食品。
3、并不是在偏远的、无污染的地区才能从事绿色无公害农产品生产，只要环境中的污染物不超过标准规定的范围，也能够进行绿色无公害农产品生产。
4、食品中所含物质是否有害也是相对的，只有达到一定的量才会有害，才会对食品造成污染，只要有害物质控制在规定的范围内，就有可能成为绿色无公害食品。各类食品中的农药残留量没有超过规定的限量标准，食用这类食品应当被认为是安全的。通常所说的“绿色食品”并非未施用过农药，而是其残留量未超过限量标准，因而被认为是无污染、无公害的食品。
5、偏远山区及没有受到人类活动污染的地区生长的天然野生食品如野菜、野果等不一定是绿色无公害食品，不使用任何农药生产出的农产品也不一定是无公害农产品，因为这些地区的大气、土壤、或河流中有可能含有天然的有害物质，是否为无公害食品还要经专门的机构认证。
6、无公害农产品的优质优价在市场上还未能得到很好的体现，无公害农产品的安全性是靠仪器检测确认的，但其在商品外观上并没有明显的优势，消费者对此有一个认识的过程，导致优质并不一定优价的局面，从而挫伤了农民生产积极性。
