冬季气温低，使用生物菌肥不仅可以活化在土壤中被固定的营养元素，且有利于根系的生长，但不可盲目使用，应根据不同的棚室土壤环境来确定，否则很可能就会花了钱却看不到效果。
一是土壤湿度 施用生物菌肥后一定要注意合理浇水，最好选择晴天上午浇小水，这样不仅能提高地温，还能通过放风排湿。注意浇水后最好要进行划锄，以此来增加土壤通透性，利于生物菌发挥效果。
二是土壤温度 据了解，生物菌肥中的生物菌一般在土壤18～25℃时生命活动最活跃，15℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱甚至休眠。这就需要首先控制好棚内的气温，以气温促地温回升。一般棚内气温白天应保持在25～30℃为宜，夜间棚内温度低，为避免地温散失，维持地温恒定，除了采取地膜覆盖外，可在操作行内覆盖作物秸秆。
三是土壤酸碱度 资料表明：土壤pH值在6.5～7.5之间时最适合生物菌的繁殖，菜农可根据自己土壤的情况进行改造，让土壤pH值达到6.5～7.5，保证生物菌大量繁殖。另外，生物菌肥的作用是靠生物菌分解土壤中的有机物来实现的，如果土壤中的有机肥施用不足，那么它是分解不出养分来的。因此，蔬菜定植前，一定要注意施足有机肥，一般每亩地施用5000公斤左右。
