引起蔬菜死棵的多为土传病害。由于温室、大棚重茬严重，导致土壤中有害菌越来越多，其他有益菌被排斥，成为有害菌的“天下”，这是引起死棵日益加重的原因。药剂防治虽有一定效果，但花钱多难以根除。目前一些人采用施用菌肥。利用施入的大量有益菌在土壤中的生长，扩大领地抑制或杀灭有害菌，效果不错。目前商家推出的菌肥种类很多，效果好的如绿先机503、激抗菌968等。
