育种技术是不断进步的。早期的农业社会，人们从自然界选择性状优良的植株进行种植，这种选育行为是原始的、随机的。随着遗传学的发展，逐步建立起品种选育技术，出现了杂交育种、辐射育种等多种选育手段，转基因育种也是一种新的育种技术。
杂交育种是指在作物的不同品种间进行杂交，从其杂交后代中筛选出具有父母本优良性状的新品种的育种方法。在农业上一般指同种作物内不同品种的杂交，也有远缘杂交。现在世界上生产应用的主要作物品种大都由此法育成。
辐射育种是利用辐射来诱发作物发生基因突变，从中筛选出优良的变异个体，培育成新品种的育种方法。太空育种就是辐射育种的一种。
不论采用什么育种技术，要获得一个新的优良性状，都必须改变作物的基因。从这点上看，转基因育种与杂交育种、辐射育种没有本质上的区别。杂交育种引入的基因成千上万，同时拥有几种优良性状的概率很低，需要大量筛选，而且无法获得父母本就没有的性状，只能期待自然变异的发生。辐射诱变带来的突变是不可控的，可能是好的，也可能是坏的，也需要大量筛选。转基因育种的优点非常明显，根据需要只转入一个或者几个已知功能明确的基因，使作物获得预期的性状，而且基因可以来自任何生物，大大提升了育种效率。
转基因育种是传统育种技术的发展，而不是替代，每一项新技术的出现都是为了解决那些传统技术不能解决的难题。
