缓释肥是通过化学和生物因素使肥料中的养分释放速率变慢，在释放时受土壤pH值、微生物活动、土壤中水分含量、土壤类型及灌溉水量等许多外界因素的影响；而控释肥是通过外表包膜的方式把水溶性肥料包在膜内使养分缓慢释放，当包膜的肥料颗粒接触潮湿土壤时，土壤中的水分透过包膜渗透进入内部，使部分肥料溶解，这部分水溶养分又透过包膜上的微孔缓慢而不断向外扩散，土壤温度越高，肥料的溶解速度及穿越膜的速度越快，膜越薄，渗透越快。
从营养成分的种类来看，二者也是有区别的。缓释肥大部分为单体肥，主要品种为缓效氮肥，也叫长效氮肥，在水中的溶解度很小。施入土壤后，在化学和生物因素的作用下，肥料逐渐分解，氮素缓慢释放，满足作物整个生长期对氮的需求。而控释肥多为N－P－K复合肥或再加上微量元素的全营养肥，施入土壤后，它的释放速度只受土壤温度的影响。但土壤温度对植物生长速度的影响也很大，在一定的温度范围内，土壤温度升高，控释肥的释放速度加快，同时植物的生长速度加快，对肥料的需求也增加。
还有就是养分的释放速度与植物各个阶段对养分的需求是否一致。缓释肥释放养分不均匀，养分释放速度和作物的营养需求不一定完全同步；控释肥释放养分的速度与植物对养分的需求速度比较符合，从而能满足作物在不同的生长阶段对养分的需求。（中肥）
