商品有机肥和粪肥同样能够补充有机质，促进团粒结构的形成。但从绿色健康可持续发展方面来讲，商品有机肥更有优势。
首先，商品有机肥比粪肥“无害”。两种肥料的区别重点在于“腐熟”和“无害”。与商品有机肥相比，粪肥存在许多缺陷：一是含盐分较多，容易使土壤盐化。二是粪肥带有大量的病菌、虫卵，最易引发棚室内的病虫害；三是粪肥养分含量不稳定，不能做到合理补肥。四是粪肥内若含有害物质、重金属物质时，仅凭借高温发酵不能去除。
其次，商品有机肥改良土壤效果更迅速。这是因为商品有机肥具有洁净性和完熟性两大特点。商品有机肥在制作过程中不仅进行高温杀菌杀虫，通过微生物完全发酵，并且很好地控制氧气和发酵温度，使有机物质充分分解成为直接形成团粒结构的腐殖质等，同时产生的氨基酸和有益代谢产物得以保留。使用后不会产生对蔬菜有影响的物质。
再次，商品有机肥的养分配比更合理。商品有机肥中的各类养分是可调整的，可以针对不同的土壤状况使用不同养分含量的产品。
商品有机肥使用方法
虽然说商品有机肥与粪肥同样能够改良土壤，但使用方法是不一样的。使用商品有机肥时要做好以下三点：
1、底施要足量。有些农户感觉商品有机肥价格较贵，不如粪肥用量大。商品有机肥已经过无害化处理，不会像粪肥那样产生烧根熏苗的情况。因此，使用商品有机肥时要使用足够的数量。
2、穴施沟施要正确。很多菜农的有机肥使用方式是穴施或沟施，需要注意的是要与植株根系保持一定的距离。比如在两行蔬菜的中间沟施，也可在两棵植株间穴施。
3、讲究与其他肥料配合。商品有机肥的主要作用是改良土壤，维护土壤生态。里面含有的大中微量元素毕竟有限。在高收入经济作物使用时一定要与其他类型的肥料配合使用。如与生物菌肥、大量元素水溶肥等等。（新肥）
