科学、准确地界定违法行为的法律责任，是新种子法的一个重要内容。随着我国市场经济的发展和种子行业的壮大，原种子法关于法律责任的规定，已经不能很好地适应实践的需要，有的处罚方式过轻，有的处罚额度过低，有的处罚梯度不够，有的处罚依据不科学，使得有些违法人员存在侥幸心理，敢于以身试法，没有对违法人员起到有效的威慑作用。
具体来讲，新修订的种子法从五个方面完善了法律责任：
一是明确有关民事侵权行为的赔偿责任。包括侵犯植物新品种权的，私自交易育种成果给本单位造成经济损失的，强迫种子使用者违背自己意愿购买、使用种子给使用者造成损失的，种子企业有造假行为给种子使用者和其他种子生产经营者造成损失的，都要依法承担赔偿责任。
二是明确有关民事法律纠纷的救济途径。包括侵犯植物新品种权纠纷可以请求调解或者提起诉讼，植物新品种申请权纠纷和植物新品种权权属纠纷可以提起诉讼。
三是新增有关违法行为的行政处罚措施。主要包括：品种审定委员会委员和工作人员的违法行为，侵犯植物新品种权的行为，假冒授权品种的行为，违反品种撤销制度的行为，违反种子广告管理制度的行为，自行开展审定试验的种子企业造假的行为，拒绝、阻挠主管部门监督检查的行为等。
四是加大对有关违法行为的行政处罚力度。包括农业、林业主管部门不依法履职的行为，主管部门工作人员违法从事生产经营活动的行为，品种测试、试验和种子质量检验机构及其工作人员的违法行为，生产经营假、劣种子的行为，违反种子生产经营许可证管理制度的行为，违反品种审定制度的行为，违反品种登记制度的行为，违反种子进出口管理制度的行为，违反有关包装、使用说明、标签、生产经营档案、备案管理制度的行为，违反种质资源保护管理制度的行为，违法采种、收购珍贵树木种子和限制收购的林木种子的行为，未按计划使用林木良种的行为，违法开展检疫性有害生物接种试验的行为等。
五是明确刑事责任。违反种子法规定，构成犯罪的，依法追究刑事责任。这是与刑法相衔接的规定，提高了法律的震慑力。
