通常的观点认为，有机肥是安全的。一些发达国家在有机农业实践中，提倡施用有机肥而拒绝化肥。国内绿色食品的肥料标准中，也规定只准施用有机肥和微生物肥。
所谓有机肥是指农家就地取材、自行积存制作的多种肥料，也称“农家肥”。有机肥以富含有机质的动物、植物为原料积制而成，除含植物所必需的氮、磷、钾外，还含有其他营养成分，故又称完全肥料。常用的有人粪尿、厩肥、家禽粪、家畜的蹄角、鱼杂、骨粉等动物性肥料和油粕、绿肥、豆饼、酱渣、米糠、堆肥、塘泥、泥炭等植物性肥料。有机肥须经充分腐熟后才能施用，否则对作物是有害的。
一般认为，大量施用有机肥可改良土壤，使沙土变得肥沃、黏土变得疏松易耕，此外，还可协调土壤中空气与水分的比例，从而有利于作物根系的生长和对水分、养料的吸收。
然而，有机肥和化肥一样，施用不当同样会带来硝酸盐淋失、温室气体排放等生态威胁。目前，一些发达国家已经通过立法的形式来控制和指导农田有机肥的施用。
近些年，规模化养殖业迅速发展，畜禽粪便中重金属、抗生素等含量增加，有机肥的安全性也存在隐患。
那么，如何施用有机肥才科学合理呢？一是注意选择优质的有机肥，选用商品有机肥时最好选用正规大厂生产的；二是有机肥必须充分腐熟后施用；三是配合生物肥施用，有机肥无论是基施还是冲施，最好配合生物肥施用，因为有机肥在与生物肥配合施用后，生物肥中的生物菌能加速有机肥中有机质的分解，使其更利于作物吸收；四是严格控制有机肥施用量，不可过量施用。
