一、不宜与碱性肥料混施或同时施用。尿素施后须转化成氨态氮才会产生肥效，而氨态氮在碱性条件下，大部分氮素会变成氨气挥发掉，所以尿素不能与石灰、草木灰、钙镁磷肥等碱性肥料混施或同时施用。一般来说，夏秋季节，尿素与碱性肥料应错开3～4天施用，冬春季应错开7～8天。
二、不宜作拌种肥。尿素在生产过程中，常产生少量的缩二脲，当缩二脲含量超过2％时就会对种子和幼苗产生毒害，这样的尿素进入种子和幼苗中，会使蛋白质变性，影响种子发芽和幼苗生长，故不宜作种肥。若必须作为种肥施用，要避免种、肥接触，并控制用量。
三、不宜施后马上灌水。尿素属酰胺态氮肥，它要转化成氨态氮才能被作物根系吸收利用，转化过程因土质、水分和温度等条件不同，时间有长有短，一般在经过2～10天才能完成，若施后马上灌排水或旱地在大雨前施用，尿素就会溶解在水中而流失。一般夏秋季节应在施后2～3天才能灌水，冬春季节应在施后7～8天后浇灌水。
四、不宜地表撒施。尿素撒施在地表，常温下要经过4～5天的转化才能被利用，大部分氮素容易在氨化过程中挥发掉，一般实际利用率只有30％左右，如果在碱性土壤和有机质含量高的土壤中撒施，氮素的损失会更快更多。而且尿素浅施，易被杂草消耗。尿素深施，融肥于土，使肥料处于湿润的土层中，有利于肥效的发挥。作追肥应穴施于苗旁或沟施在苗侧，深度应在10～15cm左右。这样，尿素集中在根系密集层，便于作物吸收利用。试验证明，深施比浅施能提高尿素的利用率10%～30%。
五、不宜用量过大。尿素含氮量高，施用量不宜过大，以免造成不必要的浪费和“肥害”。一般每亩施用5～15公斤，水田每亩施15～20公斤。施用过多，在转变为碳铵前不能被土壤吸收，容易被雨水淋失，且易伤害作物。同时尿素施得过多，大部分被流失，进入地下水，将会导致水体的氮素污染，造成亚硝酸盐的沉积，严重影响人畜安全。
六、不宜高浓度叶面喷施。在所有氮肥里面，尿素是最理想的叶面肥。喷施尿素，作物合成蛋白质的数量和速度都超过其他氮肥。但是，叶面喷施时切忌尿素溶液浓度过大，否则会烧坏叶片，也会毒害植株。通常对玉米、水稻等喷施的浓度以2%为宜；蔬菜、瓜类以0.5%～1.5%为宜。
七、不宜施用过迟。施用尿素过晚，不利于肥效的发挥，易造成作物贪青晚熟，故一般应比其他氮肥早施4～7天施用。
八、不宜施于芹菜上。芹菜整个生长期间需追施大量的氮素肥料，但不可施尿素。因为追施尿素会使芹菜纤维增多变粗，植株老化，生长缓慢，且食用时带苦味，品质低劣。
