小麦苗期主要病害包括锈病、纹枯病和全蚀病三种。
1、锈病：小麦锈病又叫黄疸病，分条锈病、叶锈病和秆锈病，是我国小麦上发生面积广，危害最重的一类病害。其中条锈病主要发生在叶片上，也危害叶鞘、茎秆和穗；叶锈病一般只发生在叶片上；秆锈病则主要发生在叶鞘和茎秆上，也危害叶片和穗。三种锈病的识别，可以用“条锈成行叶锈乱，秆锈是个大红斑”这名话来概括。条锈病发病最适温度为9～16℃，叶锈为15～22℃，秆锈为18～25℃，因此，农业生产中一般发病顺序是条锈—叶锈—秆锈。
小麦锈病防治应采取以下几种措施 ：（1）选用抗病品种。（2）药剂防治：播种前利用药剂拌种；病叶率达1%-5%时喷药防治 。（3）加强田间肥水管理：氮磷钾配合施用，施足基肥，培育壮苗；拔节期适当追肥；控制浇水，降低田间湿度，严重发病后可不灌水。（4）消灭自生麦苗：小麦自生苗是3种锈病的主要越夏寄主。结合田间管理铲除自生麦苗，可以减少大量越夏菌源，压低秋苗发病率，可减轻锈病为害。
2、纹枯病：小麦纹枯病又称小眼斑病,是一种根部病害。小麦受纹枯菌侵染后，在苗期主要出现烂芽（芽鞘褐变，后芽枯死腐烂，不能出土）、病苗枯死（发生在3—4叶期，初仅第一叶鞘上现中间灰色，四周褐色的病斑，后因抽不出新叶而致病苗枯死）等症状。
小麦纹枯病防治应采取以下几种措施：（1）选用中抗和耐病品种：当前生产上缺乏高抗纹枯病的小麦品种，选用当地丰产性能好，抗（耐）性强的或轻感病的良种，是经济易行的控病措施。（2）合理轮作,加强田间管理：实行小麦与油菜、大豆等轮作,减少田间菌源积累；适当降低播量,控制植株密度,增强麦田通透性；适当增施有机肥,平衡施用氮、磷、钾化肥,合理密植,及时除草和排水,改善麦田生态环境,培育壮苗,提高抗病性和补偿能力。（3）化学防治：以种子处理为重点,春季重病田喷药剂防治。春季小麦病株率达20%的地块，应及时喷药，施药时间在小麦拔节初期，以阻止病害侵入茎秆。
3、全蚀病：小麦全蚀病又称小麦立枯病、黑脚病，是一种根部病害，只侵染麦根和茎基部1—2节。在小麦苗期侵染后，表现为病株矮小，下部黄叶多，种子根和地中茎变成灰黑色，严重时造成麦苗连片枯死。出苗后20—30天是小麦全蚀病病原菌是侵染病高峰期。
小麦全蚀病防治应采取以下措施：（1）选种抗病品种。(2)合理轮作，加强田间管理：可与甘薯、棉花、绿肥、大蒜、油菜等 非寄主作物轮作。(3)深翻倒土，精细整地，合理施肥：小麦播种前，将土壤深翻40cm，以减少土表层菌源量，并结合增施无病菌的有机肥和磷肥（有机肥：3-4m2/亩；过磷酸钙：50kg/亩）；冬麦返青拔节期适时中耕，促进根系发育，加强水肥管理；病场土、病麦糠、病麦秸和病麦茬等都不能用于沤肥，如需要时必须进行高温沤制。(4)药剂防治：一是播种前药剂拌种，目前有效药剂有苯醚甲环唑（敌萎丹）、咯菌腈（适乐时）、硅噻菌胺（全蚀净）、烯唑醇、戊唑醇等。二是土壤处理。播种造墒前选用50%多菌灵或70%甲基托布津2～3公斤加细土20～30公斤均匀撒于地表然后旋耕或多菌灵和粉锈宁各1公斤混合物撒于地表旋耕。三是春季发病麦田药剂喷灌根部。
