目前我国批准了转基因生产应用安全证书并在有效期内的作物有棉花、水稻、玉米和番木瓜。”证书的发放是根据研发人的申请和农业转基因生物安全委员会的评审，经部级联席会议讨论通过后批准的。证书的批准信息已经在农业部相关网站上公布各批次的批准情况都可以查询。取得了转基因生产应用安全证书，并不能马上进行商业化种植。必须按照《中华人民共和国种子法》的要求，转基因作物还需要取得品种审定证书、生产许可证和经营许可证，才能进入商业化种植。
华中农业大学是中国目前唯一获得转基因水稻安全证书的单位，2009年，农业部为其研发的含转基因抗虫水稻“华恢1号”及杂交种“Bt汕优63”颁发了安全证书。同时强调，颁发安全证书不等于允许商业化生产。
中国科学院院士、华中农业大学生命科学学院院长张启发透露“证书明年就到期了，相关的政策法规还没有出台，再申请有什么意思。”，截至目前该校两个获得转基因水稻安全证书的品种依然没有获得品种审定、生产许可证、经营许可证，商业化种植遥遥无期。
“我们用了11年的时间去申请这两张证书，现在觉得离商业化种植的道路更加远了。”张启发表示，目前中国转基因水稻研发水平正处于最好时期，单从技术上来讲，可以比肩美国，但商业化运作却落后很多。
多年过去，转基因水稻的商业化并没有实质进展，还是停留在实验室和试验田里。事实上，在安全证书颁发之时就引起广泛争议。关于转基因作物是否存在危险，国内外的科学界一直没有定论。
据前瞻产业研究院《中国食品安全检测行业发展前景与投资机会分析报告》分析： 食品安全检测在发达国家质量体系中，第三方机构具有很大的话语权和公信力，而我国第三方检测机构在产品评价和公信力上，远远落后于发达国家。再加上随着“洋认证”不断抢滩中国，在中国建立起了相当的技术权威和检测公信度。由此可见，随着贸易争端的不断加剧，随着对国内对产品质量要求的不断提高，我国应该大力发展第三方检测机构。
