转基因食品的安全性至今没有经过科学认证，一些研究表明，长期食用某些转基因食物可能引发过敏反应，还可能影响肾功能和生殖功能，引发不知原因的疾病和死亡，此外，对生态环境也会造成不可逆转的破坏。国际消费者联合会强调，“现时没有一个政府或联合国组织声称转基因食品是完全安全的”，一些国家严厉禁止转基因生物作为人类食品甚至动物饲料。
我国食品安全保障任务非常艰巨，责任重大，必须采取严厉的准入、监管、执法、处罚、问责措施，高度重视转基因食品安全问题。全国政协委员、“杂交水稻之父”袁隆平曾表示，转基因食品的安全性需要两代人来检验，如果这代人吃了没事，他们生下来的孩子长大了也没事，才能证明它的安全性。为避免转基因食品带来负面社会效益，提高人们对食品安全的认同度，建议：
1、加大宣传力度，使转基因问题透明化。建立一个具有公众参与的转基因作物风险评估体系与程序，转基因技术专家要向公众多作技术介绍和优劣比较，介绍政府是如何组织进行食品安全评估和环境风险评估的，采取了哪些风险管理措施，不能将公众排除在外。这需要政府各部门和媒体的高度参与，使公众了解转基因食品，既不盲目排斥，也不盲目接受。
2、加快建立转基因食品生产销售约束机制。不能因有批准种植而任其发展，严格查处销售中没有承诺不使用转基因成份的商品生产和销售厂家，及时公开转基因食品清单，使老百姓能够明白消费，放心食用。
3、建立绿色安全通道，提供放心食用的非转基因食品。携手上游种子企业，鼓励农民、种植业者及加工销售企业加大绿色有机食品的生产，确保更多安全蔬菜、水果、粮食摆上老百姓餐桌。投入经费或出台相关措施，在各大批发市场、超市设置转基因成分检测仪器，定期对各种食品进行抽检，抵制非法转基因食品的流入。对农业部颁发了安全证书的转基因食品，在外包装上给予明确标识说明。加大生物技术和食品科学领域的科研力度，对转基因食品检测技术和设备研制投入更多经费支持，对转基因食物的安全性进行反复检验，对人民负责。
