种子是农业生产最基本的生产资料。优良的种子能提高农产品产量和质量，良种增产在农作物发展中占首要地位。自从种子法颁布实施以来，我国种子产业逐步进入市场化，对农村经济的发展起到了很大的促进作用。但同时也暴露出不少问题，已经威胁到农业生产安全，损害了农民的利益，具体表现在以下几个方面：
一是种子经营单位和人员数量多而杂，整体素质低。一些单位和个人把种子经营作为争取“财源”的途径，根本不顾种子法的有关规定，在既不懂技术又无检验、检测手段的条件下，盲目地搞起种子经营，如不用原种繁育一级良种、用商品粮做一级良种等乱繁种、乱收种现象严重，给不合格种子进入市场提供了条件。从业人员中具备相关专业知识的人员较少，仅占30％左右，农民、无业人员和从事其他小商品零售的人员居多。农业部门主导品种的推广较难，品种布局和售后服务基本无从开展。
二是滥用商品名，夸大宣传，误导农民。普通品种、老品种冠以耀眼的商品名；同一个品种不同的经营单位有不同的商品名，而审定名却印在背面某个不显眼的地方。
三是未审先推，给农业生产安全带来隐患。如以低价的大路货品种包装成高价的品种出售，以获取最大利润；以未审定品种包装成已审定的品种，避开品种审定关，躲过法律制裁，提早上市；直接销售未经审定品种。这些假种子和未审定品种对农民增收和农业生产安全带来隐患。要鉴别种子的真实性，难度较大。
四是对育种家利益保护的不够，造成育种者利益受损，而经营者受益，农民受害。具体表现在:种子生产、经营企业不从育种家手里引原种繁育一级良种，而是用一级种子繁育或用农民产下的商品粮做种子低价销售，造成育种家利益受损，农民受害；育种家育成的品种，有的虽申请了国家新品种保护权，但其合法权益并不能得到保证。一些经销商不经授权违法经销国家保护品种，并以次充好，低价销售，构成了严重的侵权行为。同时由于执法部门分工不明确，执法打击力度不够，造成种子侵权现象泛滥。
