目前生产上应用的棉花品种主要为抗虫棉品种，部分农户选用自留种做为生产用种，容易造成损失，主要原因是：
1、棉花属于常异交作物，天然杂交率较高，棉农种植的棉花不具备隔离条件，杂交率会更高，再加上轧花、脱绒过程机械混杂，导致自留种纯度降低，而纯度又是保证高产的必要条件。
2、棉花自然选择会使其向着衣分降低、铃重变小的方向发展。自留种代数越高这种变化越明显，从而降低产量。正规厂家生产的种子来源于经过人工选择的相同质量原种，质量稳定不易退化。
3、种植自留种还容易传播棉花枯黄萎病。棉种带菌绝大部分在短绒上，正规厂家生产的种子经过硫酸胶绒可将棉种短绒所带的病菌除去，包衣又可将种子内部病菌杀死，可以有铲防止病害的传播。
4、正规厂家生产种子所用种衣剂中含有杀虫剂、杀菌剂、生长调节剂等物质，对防治苗期病虫害、促进棉苗生长发育以及保障苗齐苗壮极为有利。
