在被吉祥一号玉米品种权人指称“侵权吉祥一号”玉米品种一个月后，敦煌种业公告称，与武威市农业科学研究院签署《玉米杂交品种“吉祥一号”生产经营权转让合同》，以2680万元的价格获得“吉祥1号”生产经营权。
然而，敦煌种业获得的只是吉祥一号30%的生产经营权，另外70%的生产经营权在甘肃武威甘鑫种业有限公司(现为武威甘鑫物种有限公司)手里。12月28日，甘鑫物种公司相关负责人表示，根据公司与武威农科院的联合育种协议，我们拥有70%的生产经营开发权，现在没有看到正式的转让协议，对我们的权益如何处置还不知道。
敦煌种业种子事业部部长范华却称强，“没有争议”，“我们和甘鑫物种协调好了，将来会商量育种面积”。
虽然拿下了生产经营权，敦煌种业仍未掌握“吉祥一号”的品种权。与“先玉335”的例子一样，敦煌种业摆脱不了“种子经销商”的命运。
据媒体报道，11月底，农业部曝光不合格种子产品，其中，敦煌种业先锋良种有限公司在辽宁销售的先玉420、32D22发芽率不合格，敦煌种业在辽宁销售的吉单261水分不合格，绵阳敦煌种业有限公司在四川销售的敦玉518纯度不合格。
另据有关报道显示，有国内二号玉米种子之称的“吉祥一号”品种正遭遇全国范围的私繁滥制，其中包括敦煌种业等知名企业，敦煌种业被侵权培育出的“吉祥一号”品种的种植面积几乎同合法品种一样多。
