家畜农家肥是有机肥生产的好原料，但如果未经充分发酵或腐熟而直接施用到作物上，则存在很大的害处：
1、传染病虫害
家畜农家肥中含有大肠杆菌、线虫等病菌和害虫，直接使用会导致病虫害的传播，作物发病，对食用农产品的人体健康也产生影响；未腐熟的鸡粪在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害的发生。
2、发酵烧苗
发酵不充分的家畜农家肥施到地里后，当发酵条件具备时，便开始发酵，若发酵部位根部较近，且作物植株较小，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时导致植株死亡。
3、酸化果园土壤
家畜农家肥是强酸性肥料（PH值为3.6~4.7），因此在果园里施用酸性家畜农家肥无异于“雪上加霜”，造成果树烂根、黑根、黄叶、树势早衰、黄化病，严重时导致柑橘植株死亡。
4、毒气危害
在分解过程中产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤，更重要的是产生的乙烯气体有抑制根系生长的作用，也是烧根的主要原因。
5、土壤缺氧
有机质在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性的处于缺氧状态，会使作物生长受到抑制。
6、肥效缓慢
未发酵腐熟的家畜农家肥中，养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态，才能被作物吸收利用。所以未发酵直接施用使肥效减慢。
7、重金属超标
家畜农家肥中含有很高量的铜、汞、铬、镉、铅、砷等重金属，还有较多的激素残留，造成农产品重金属超标，给食品安全、农业产业的可持续发展埋下隐患。
8、利用不便、效率低
未经处理的家畜农家肥，不易运输，体积大，有效成分低，使用成本高。有机物向腐殖质转化的时间较长，养分流失严重。
9、氯化钠（食盐）超标
据统计每立方米的家畜农家肥就含有5公斤的氯化钠（食盐），如果一亩地的氯化钠含量超过10公斤，作物将极难生长。
