一是使作物从土壤中吸收过多的磷素营养过多的磷素营养会促进作物呼吸作用过于旺盛，消耗的干物质大于积累的干物质，造成繁殖器官提前发育，引起作物过早成熟，籽粒小，产量低。
二是诱发土壤缺锌过量施用磷酸钙后，会使土壤里的锌与过量的磷作用，产生磷酸锌沉淀，作物无法吸收，使作物出现明显缺锌症状；过量施用钙镁磷肥等碱性磷肥后，会使土壤碱化，使锌的有效性降低，影响作物对锌的吸收。
三是使作物得磷失硅据研究，过量施用磷肥后，还会造成土壤中的硅被固定，不能吸收，引起作物缺硅，特别是对喜硅的禾本科作物影响更大，如喜硅作物水稻，若不能从土壤中吸收到较多的硅元素就会发生茎秆纤细、倒伏及抗病能力差等症状。
四是使作物得磷缺钼适量施用磷肥，会促成作物对钼的吸收，但过量施用磷肥，却会使磷和钼失去营养平衡，影响作物对钼的吸收，表现出“缺钼症”。
五是造成土壤中有害元素积累磷肥主要来源于磷矿石，磷矿石中含有许多杂质，其中包括镉、铅、氟等有害元素，而且施用磷肥会引起土壤中镉的增加，其年增长量分别为0.15％和0.08％，且这种镉有效性高，易为作物吸收，给人畜造成危害。
六是造成土壤理化性质恶化过磷酸钙含有大量的游离酸，连续大量施用，会造成土壤酸化。钙镁磷肥含有25%~30%的石灰，大量施用会使土壤碱性加重和理化性质恶化。（农资）
