有机肥的使用方法一般有三种：经过发酵加工后施入农田；秸秆直接还田；与化学肥料混合后施入农田。
一、发酵加工技术 。主要包括高温发酵技术和嫌氧发酵技术。高温发酵堆制技术是将各种有机肥料堆成一定大小的堆，约经过一个月的发酵，即可成为有机肥料，这种肥料称为堆肥。其堆制过程一般分为三个阶段：发热阶段、高温阶段和降温阶段。嫌氧发酵是利用嫌氧微生物分解有机物料，从而加工制造成有机肥料。完全嫌氧一般视为沼气发酵，不完全嫌氧发酵就是有机肥料的沤制技术，简称为沤肥
二、秸秆还田。农作物收获后，把秸秆直接翻入土中，让其自然腐烂，称为秸秆还田。秸秆还田是增加土壤有机物质的简便途径，能够改善土壤的物理性质，培肥改土，提高土壤生物的活性，减少养分流失。
三、有机无机复混肥料加工技术。有机肥料由于其体积大，养分含量低，肥效比较慢，很难大面积推广应用。无机化学肥料养分含量高，肥效快，但养分流失严重，长期施用对土壤和环境会造成不利影响。将两种肥料结合起来，生产有机、无机复混肥料，则可以克服二者的短处，发挥他们的长处，是肥料发展的新方向。
